食品保健品的生产环境直接决定着产品的卫生状况，因此要保证生产车间及生产用工具的清洁干净，此外原辅料、生产工艺也要符合《食品生产许可管理办法》的要求，确保食品生产的安全及卫生。洁净生产车间所要控制的对象主要包阔尘埃粒子及微生物，根据食品保健品GMP要求，按生产工艺和卫生质量要求来划分洁净灯级，原则上应分为一般生产区、30万级洁净区、10万级洁净区。生产车间应设置备料室、洁具室、器具清洗室，并要达到与生产工艺要求相应的洁净度；必须设置与生产产品种类相应的检验室和化验室，应具备对原料、半成品、成品进行检验所需的房间、仪器、设备及器材，并定期鉴定，使其处于良好状态；生产发酵产品应具备专用发酵车间，并应有与发酵、喷雾相应的专用设备；产品压片、分装胶囊、冲剂、液体产品的罐装等均应在净化车间内进行，应控制操作室的温度、湿度，手工分装胶囊应在有相应洁净度的有机罩内进行，操作台不应低于0.7米；应设置与生产品种和规模相适应的检验室，满足物料、中间产品及成品等质量检验和控制要求；检验室、动植物标本室、留样观察室以及其他各类实验室应当与生成区分开 致病菌检测无菌室、微生物限度检定室要分室进行。